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Title: Caracterização molecular dos circovírus suínos tipos 2 e 3 em amostras de órgãos suínos coletadas no período de 1967 a 2018
Authors: Rodrigues, Ingrid Lyrio Figueira
metadata.dc.contributor.advisor: Castro, Tatiana Xavier de
metadata.dc.contributor.advisorco: Silveira, Renato Luiz
metadata.dc.contributor.members: Cavalcanti, Silvia Maria Baeta
Varella, Rafael Brandão
Knackfuss, Fabiana Batalha
Moraes, Renata Fernandes Ferreira de
Issue Date: 2019
Abstract: A modernização dos sistemas de criação de suínos incrementando o confinamento de um grande número de animais favoreceu a transmissão de agentes infecciosos culminando com prejuízos produtivos, reprodutivos e econômicos. O circovírus suíno tipo 2 (PCV-2) causou um enorme impacto econômico devido a perdas diretas e custos indiretos para seu controle. Em 2016, um novo circovírus classificado como tipo 3 (PCV-3) foi detectado e seu papel no desenvolvimento de doenças bem como sua circulação no rebanho brasileiro não estão totalmente elucidados. O objetivo desse trabalho foi realizar a caracterização molecular e o estudo evolutivo de PCV-2 e PCV-3 em órgãos de suínos provenientes de diferentes regiões dos estados do Rio de Janeiro e Espírito Santo, Brasil, coletados no período de 1967 a 2018. Para realização deste estudo retrospectivo, foram selecionados do acervo do laboratório de Anatomia Patológica da PESAGRO-RIO, blocos de parafina contendo fragmentos de órgãos, provenientes de 143 suínos, no período de 1967 a 2017. Foram, também, avaliados fragmentos de órgãos congelados de 35 suínos coletados nos anos de 2017 e 2018, totalizando 178 amostras do mesmo número de suínos obtidas num período de 51 anos. Foi realizada a desparafinização dos blocos, o genoma viral foi extraído e submetido à reação de Nested PCR utilizando a região de capsídeo de PCV-2 e PCV-3. As amostras positivas foram sequenciadas e submetidas à análise de aminoácidos para tipagem, estudo de coalescência e análise da rede de haplótipos. Um total de 39/178 amostras (21,9%) apresentou resultados positivos para PCV-2 sendo 9/35(25,7%) de tecidos congelados e 30/143(20,9%) de tecidos emblocados fixados em formalina (FFPE). Uma amostra do ano de 1967 foi positiva para PCV-2, sendo este relato o segundo mais antigo do mundo. Em relação à PCV-3, 26 das 178 amostras (14,6%) apresentaram resultados positivos sendo 14/35 (40%) de tecidos congelados e 12/143 (8,2%) tecidos de FFPE. Além disso, uma amostra do ano 1967 foi positiva para PCV-3, sendo este relato o mais antigo de que se tem notícia no mundo. As sequências obtidas dessas amostras foram depositadas no GenBank. As amostras positivas de PCV-2 foram classificadas como PCV-2d através da análise filogenética confirmada pela Network. As amostras de PCV-3 foram classificadas como PCV-3a e PCV-3b. A diversidade haplotípica do PCV-2 foi igual a 0,91 o que revela uma taxa mutacional elevada e a diversidade haplotípica do PCV-3 foi igual a 0,48 tendo sido considerada baixa. Pôde-se observar que ambos, PCV-2 e PCV-3, circulam no Brasil desde 1967.
metadata.dc.description.abstractother: The modernization of swine rearing systems by increasing the confinement of large numbers of animals favored the transmission of infectious agents culminating in productive, reproductive and economic losses. Porcine circovirus type 2 (PCV-2) has had a huge economic impact due to direct losses and indirect costs for its control. In 2016, a new circovirus classified as type 3 (PCV-3) was detected and its role in disease development as well as its circulation in the Brazilian herd is not fully elucidated. The purpose of this work was to perform the molecular characterization and evolutionary study of PCV-2 and PCV-3 in swine organs from different regions of the states of Rio de Janeiro and Espirito Santo, Brazil, collected from 1967 to 2018. In this retrospective study, paraffin blocks containing organ fragments from 143 pigs from 1967 to 2017 were selected from the collection of the Pathological Anatomy laboratory of PESAGRO-RIO in 2017 and 2018, totaling 178 samples of the same number of pigs obtained over a 51-year period. Deparaffinization of the blocks was performed, the viral genome was extracted and subjected to the Nested PCR reaction using the capsid region of PCV- 2 and PCV-3. Positive samples were sequenced and subjected to amino acid analysis for typing, coalescence study and haplotype network analysis. A total of 39/178 samples (21.9%) tested positive for PCV-2, 9/35 (25.7%) of frozen tissues and 30/143 (20.9%) of formalin-fixed embedded tissues (FFPE). A sample from 1967 was positive for PCV-2, which is the second oldest in the world. Regarding PCV-3, 26 out of 178 samples (14.6%) were positive, being 14/35 (40%) fresh tissue and 12/143 (8.2%) FFPE tissue. In addition, a sample from the year 1967 was positive for PCV-3, which is the first known news in the world. The sequences obtained from these samples were deposited at GenBank. PCV-2 samples were classified as PCV- 2d. PCV-3 samples were classified as PCV-3a and PCV-3b. The haplotypic diversity of PCV-2 was 0.91 which reveals a high mutational rate and the haplotypic diversity of PCV-3 was 0.48 and was considered low. Both PCV-2 and PCV-3 have been circulating in Brazil since 1967.
URI: https://app.uff.br/riuff/handle/1/12984
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