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Title: Detecção laboratorial de resistência à polimixina entre amostras de Klebsiella pneumoniae isoladas no Hospital Universitário Antônio Pedro
Authors: Fernandes, Daniela Greco Garcia
metadata.dc.contributor.advisor: Souza, Cláudia R. V. de Mendonça
metadata.dc.contributor.advisorco: Chagas, Thiago Pavoni Gomes
metadata.dc.contributor.members: Chuster, Stephanie Gomes
Santos, Ivson Cassiano de Oliveira
Issue Date: 2019
Publisher: Universidade Federal Fluminense
Abstract: A família Enterobacteriaceae contém alguns dos principais gêneros isolados em amostras biológicas que estão associados às infecções relacionadas à assistência à saúde (IRAS), bem como a infecções adquiridas na comunidade. Para tratamento de infecções causadas por essas bactérias os β-lactâmicos são uma das principais opções, porém a resistência a múltiplos antimicrobianos, incluindo aos carbapenêmicos, vem crescendo abruptamente, particularmente entre as enterobactérias e em especial, entre amostras de K. pneumoniae. Devido à dificuldade e limitação de opções terapêuticas para o tratamento de infecções por Gram-negativos resistentes aos carbapenêmicos, as polimixinas tornaram a ser consideradas opções de tratamento importantes pela escassez de novos antimicrobianos com ação contra esses microrganismos. Entretanto, consequentemente ao aumento do uso das polimixinas, a resistência a esses fármacos tem emergido no mundo, nos últimos anos, entre cepas de K. pneumoniae e outros Gram-negativos. A implementação de ferramentas de triagem rápidas e confiáveis para detectar e analisar patógenos resistentes à colistina de forma a se adotar medidas de precaução de contato e adaptação do tratamento do paciente é uma abordagem necessária. A microdiluição em caldo é considerada o método de referência para verificação dessa resistência, através da determinação das concentrações mínimas inibitórias (CMIs) frente a polimixina, porém é um método demorado e muito laborioso e por isso não muito adequado para as rotinas clínicas. O presente estudo teve como objetivo geral comparar métodos de detecção fenotípica de resistência a polimixina entre 17 amostras clínicas de K. pneumoniae, de uma coleção de amostras previamente caracterizadas como sendo resistentes (n=11) e sensíveis a polimixinas (n=6), obtidas de pacientes atendidos no Hospital Universitário Antônio Pedro, no período de maio de 2018 a junho de 2019. A identificação das amostras foi confirmada através de MALDI-TOF MS. Os métodos alternativos analisados foram: o sistema comercial Policimbac®, o sistema automatizado BD Phoenix™, o teste epsilométrico Etest® e o ágar Superpolimixina®. Também foram realizados testes de Hodge Modificado e o Método de Inibição do Carbapenêmico CIM, para detecção de amostras produtoras de carbanemases. A detecção genotípica dos genes blaKPC, blaNDM-1, blaOXA-48-like e mcr1-5 foi realizada através de Reações em Cadeia da Polimerase (PCR). A produção de carbapenemase foi observada em 84,6% (11/17) dos isolados pelos testes fenotípicos, sendo que 70,6% das 17 cepas foram positivas para o gene blaKPC; 5,9%, para o gene blaNDM-1 e nenhuma blaOXA-48-like. Todas as amostras foram negativas para o gene mcr, indicando a ocorrência de mecanismos de resistência a polimixinas associados com mutações cromossômicas, entre as amostras analisadas. As taxas obtidas para sensibilidade e especificidade, respectivamente, dos métodos alternativos em comparação ao padrão-ouro foram as seguintes: Policimbac (92,8% e 66,7%), Etest (86% e 100%), Ágar Superpolimixina (85% e 100%) e BD Phoenix (78,6% e 100%). Os resultados revelaram discrepâncias entre os métodos testados, levando à necessidade de mais estudos, com um número maior de amostras, para melhor avaliação do desempenho desses métodos.
metadata.dc.description.abstractother: The Enterobacteriaceae family contains some of the main genres isolated in biological testing that are associated with healthcare-related infections (HAI) as well as community-acquired infections. For the treatment of infections caused by these bacteria, β-lactams are one of the main options, but resistance to multiple antimicrobials, including carbapenems, has been growing sharply, particularly among enterobacteria and especially among K. pneumoniae samples. Due to the difficulty and limitation of therapeutic options for the treatment of carbapenem-resistant gram-negative infections, polymyxins are once again considered important treatment options due to the scarcity of new antimicrobials acting against these microorganisms. However, as polymyxins have increased in use, resistance to these drugs has emerged worldwide in recent years among K. pneumoniae and other Gram-negative strains. Implementing fast and reliable screening tools to detect and analyze colistin-resistant pathogens in order to adopt contact precautionary measures and adapt patient treatment is a necessary approach. Broth microdilution is considered the reference method for checking this resistance through the determination of minimum inhibitory concentrations (MICs) against polymyxin, but it is a time consuming and laborious method and therefore not very suitable for clinical routines. The present study aimed to compare phenotypic polymyxin resistance detection methods among 17 clinical samples of K. pneumoniae, from a collection of isolates previously characterized as resistant (n=11) and sensitive (n=6) to polymyxins, obtained from patients treated at the University Hospital Antônio Pedro, from May 2018 to June 2019. The isolates identification was confirmed by MALDI-TOF MS. The alternative methods analyzed were: the commercial Policimbac® system, the BD Phoenix ™ automated system, the Etest® epsilometric test and the Superpolimixina® agar. Modified Hodge tests and the CIM Carbapenemic Inhibition Method were also performed to detect carbanemases producing samples. Genotypic detection of the blaKPC, blaNDM-1, blaOXA-48-like and mcr1-5 genes was performed by Polymerase Chain Reactions (PCR). Carbapenemase production was observed in 84.6% (11/17) of the isolates by phenotypic tests, and 70.6% of the 17 strains were positive for the blaKPC gene; 5.9% for the blaNDM-1gene and no blaOXA-48-like. All samples were negative for the mcr gene, indicating the occurrence of polymyxin resistance mechanisms associated with chromosomal mutations among the analyzed samples. The rates obtained for sensitivity and specificity, respectively, of the alternative methods compared to the gold standard were as follows: Policimbac (92.8% and 66.7%), Etest (86% and 100%), Superpolymixin Agar (85%). and 100%) and BD Phoenix (78.6% and 100%). The results revealed discrepancies between the tested methods, leading to the need for more studies with a larger number of samples to better evaluate the performance of these methods.
URI: https://app.uff.br/riuff/handle/1/13150
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