Identificação de deleções em IKZF1 na leucemia linfoblástica aguda de células precursoras B por PCR multiplex

Abstract

A leucemia linfoblástica aguda de células precursoras B (LLA-cpB) é caracterizada por alterações cromossômicas e moleculares que auxiliam no diagnóstico e na estratificação de risco dos pacientes. As análises genômicas possibilitam a identificação de alterações moleculares adicionais que contribuem para a patogênese da LLA-cpB, como as deleções (Δ) em fatores de transcrição responsáveis pela regulação do desenvolvimento linfóide de células B. O gene IKZF1 codifica o fator de transcrição IKAROS, um dos reguladores principais da linfopoiese. Visto que as deleções em IKZF1 têm um papel de predição de recaídas, a análise das mesmas pode contribuir para uma melhor estratificação de risco terapêutico. Desta forma, foi realizado em nosso grupo um estudo anterior que rastreou alterações adicionais em LLA-cpB, incluindo as deleções em IKZF1, através da técnica de multiplex ligation-dependent probe amplification (MLPA). Embora a técnica de MLPA seja eficaz na identificação das deleções, o custo é alto e seus resultados precisam ser validados. Os objetivos deste estudo foram caracterizar as deleções encontradas no gene IKZF1 a nível genômico em crianças com LLA-cpB, além de implementar a técnica de PCR Multiplex (MP-PCR) para a identificação das mesmas. Para isso, foram incluídas no estudo 284 amostras de pacientes com LLA-cpB (idade entre 1-16 anos) diagnosticados no período de 2004-2015. A técnica de MP-PCR foi implementada através de duas reações (A e B) utilizando iniciadores que permitiram a identificação das deleções mais frequentes em IKZF1 (Δ2-3, Δ2-7, Δ2-8, Δ4-7 e Δ4-8). Em seguida, as amostras foram sequenciadas utilizando o ensaio comercial BigDye Terminator v3.1 Cycle sequencing e o sequenciador automático 3500 (Applied Biosystems). A amplificação dos produtos foi realizada com sucesso através da MP-PCR e o sequenciamento confirmou a especificidade da reação na detecção das deleções que foram propostas (31/284). Foi observado que a técnica de MP-PCR apresenta sensibilidade de 92% e especificidade de 75% quando comparada a MLPA na detecção das deleções mais comuns. Pode-se concluir que a MP-PCR foi implementada com sucesso, mostrando-se eficaz na detecção das deleções Δ2-3, Δ2-7, Δ2-8, Δ4-7 e Δ4-8.