Impacto da qualidade do spot sobre a determinação de genes diferencialmente expressos

Abstract

Microarranjos de DNA são lâminas onde são depositadas moléculas de DNA cuja sequência é conhecida, e tem o objetivo de medir os níveis de expressão de milhares de genes simultaneamente. Essa técnica tem se revelado uma poderosa ferramenta para a análise de experimentos genéticos pois, ajudam a identificar genes que são expressos em condições diferentes, como por exemplo células doentes e células sadias. O presente trabalho tem como objetivo avaliar a inclusão de medidas de qualidade dos spots, a partir das imagens dos microarranjos, como ponderação em testes para a detecção de genes diferencialmente expressos e comparar os resultados destes com outros testes já utilizados na literatura. Foram utilizadas 4 lâminas contendo 8448 genes do peixe zebra com o objetivo de detectar os genes que estariam relacionados à mutação Swirl. Foi verificado que os testes ponderados foram mais sensíveis na detecção de genes como diferencialmente expresso do que as versões não ponderadas, indicando que as medidas de qualidade de um spot, quando disponíveis, auxiliam na detecção de genes que possuem diferença de expressão entre as duas condições estudadas.